1. 研究目的与意义、国内外研究现状（文献综述）
意义
猪流行性腹泻（porcine epidemic diarrhea ，PED）是以水样腹泻、脱水和呕吐为临床症状的一种高接触急性肠道传染病，主要危害哺乳仔猪。PED于1971年首次在英国报道[1]，之后欧洲许多国家先后报道了本病的爆发流行。1977年证实流行于比利时、英国及欧洲所发生的传染病是PED,是由猪流行性腹泻病毒（porcine epidemic diarrhea virus ，PEDV）引起的[2]。之后此病迅速蔓延到亚洲，并在多个养猪国家有爆发性大流行的报道，主要发生于日本[3]、韩国[4-5]、越南[6]、泰国[7]和中国[8]等国家。我国1994年研制PEDV灭活疫苗，在国内使用以来，PED得到很好的控制。但自2010年以来，由PEDV所引起的仔猪腹泻给当前养猪业造成了极大的经济损失，而且在免疫猪场中常有发生，并且可以导致育肥猪的急性死亡，提示该病的复杂性，这给PED的预防和治疗带来了极大的困难。这就需要我们及时的监测了解每年PEDV的流行状况、变异情况及致病机理，这有助于进一步完善每年的预防免疫程序，控制PEDV的蔓延。
研究概括
2. 研究的基本内容和问题
目标
绘制进化树，找出变异毒株，了解PEDV的流行状况、变异情况、致病机理及当前疫苗不能提供有效抗体保护的原因，为诊断方法的建立、疫苗的研发及进一步完善每年的预防免疫程序提供理论基础，为强弱毒株的鉴定提供依据，控制PEDV的蔓延。
内容及关键问题
3. 研究的方法与方案
根据2个高变区分别设计引物。对实验室的临床病料做PEDV检测，阳性病料扩增PEDVS和ORF3基因，琼脂糖凝胶电泳，将目的条带亮的胶块切下送去测序公司测序，目的条带较暗的胶块做凝胶回收，把目的片段与T载体相连，然后转入DH5α，大量培养后提质粒，进行测序。利用相关软件分析比对测序所得序列，并对有缺失、插入或改变序列的毒株进行全基因组测序。
实验方案
临床病料检测，找出阳性病料——设计引物，PCR扩增PEDV的4个高变区基因——测序——与参考毒株比对序列，绘制进化树
4. 研究创新点
主要利用生物软件对测序结果进行基因遗传进化分析、基因氨基酸序列比对和同源性分析来进行流行病学调查。
5. 研究计划与进展
（1）2018年09月～2018年11月：收集实验材料，查阅文献，为试验做准备；
（2）2018年11月～2019年02月：临床样品检测、扩增并测序；
（3）2019年03月～2018年04月：整理试验数据，撰写论文。
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