1. 研究目的与意义
1.研究现状及发展趋势
先天免疫是一种进化上古老的防御策略，被多种物种用来抵御病原体。已知大量抗微生物肽参与先天免疫。其中，防御素构成了最重要的抗菌肽家族之一.，因为它们具有增强吞噬细胞作用和促炎细胞因子产生、促进中性粒细胞募集、抑制抗炎介质和调节补体激活。也有人提出，防御素可以作为先天免疫反应和适应性免疫反应之间的纽带，哺乳动物防御素是小的阳离子肽，含有三对分子内二硫键，由六个保守的半胱氨酸.基于二硫键模式和半胱氨酸的位置，防御素分为α(a)、β(b)和θ(h)家族(Ganz2003)。最近的研究表明，许多生理和形态特征通常由属于多基因家族的基因控制(即免疫球蛋白、T细胞受体、主要组织相容性复合体、组蛋白、泛素和嗅觉受体基因)。因此，对多基因家族进化的详细调查是理解基因进化的重要一步表型特征。已经表明，几个多基因家族经历生灭进化，并且基因获得和基因丢失的速率在家族之间变化很大.由于快速的生灭进化，功能基因的数量在关系密切的物种之间甚至在相同物种的个体之间可能有很大的不同.
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2. 研究内容和问题
1.研究内容
从NCBI基因数据库中获取灵长类α-防御素基因用于系统发育分析，在此基础上对这个家族的亚家族进行分辨,并建立亚家族分辨的依据，为进一步探索这个基因的功能进化奠定基础。在此基础上对这个家族进行表达分析，来进行发育分析以及结构分析等为进一步探索这个基因的功能进化奠定基础。我们根据目前可用的基因组序列确定了人类、黑猩猩、猩猩、猕猴和狨猴的α-防御素基因序列，并使用比较基因组学和进化方法分析了基因组结构，以及转录组学和蛋白质组学的相关知识。 3.解决的关键问题 灵长类动物α-防御素基因的亚家族分化模式，运用比较基因组学和进化方法分析基因组结构以及表达分析3. 设计方案和技术路线
1.研究方法 从NCBI及其他数据库中提取5个灵长类动物α-防御素基因的蛋白质序列。对于这些最符合的，我们在SAMRT平台手动检查其域组织，以确保查询和命中之间的一致性。并通过运用比较基因组学和进化方法分析其结构
2.技术路线
对5个灵长类动物和1个小鼠α-防御素基因进行系统发育分析，通过构建ML、BI、MP树，分辨三种不同的拓扑结构，从而确定α-防御素基因的系统发育关系，并通过比较基因组学和进化方法分析4. 研究的条件和基础
1.具备一定的文献检索及统计分析的知识储备和能力。学习和熟练掌握专业课程内容，运用了相关专业基础知识和操作方法通过撰写专业课程论文等教学环节，形成了初步的科研意识和能力，以及更深入的分析和思考能力。
2.对选题研究领域的背景与发展趋势有了一定了解，查阅了大量的文献资料和发展现状，对即将撰写的论文内容作了认真思考。指导老师提供了用于生物研究的专业设备和生物数据分析的专业软件，以及为我们提供了多个中文和外文文献检索网站，图书馆中大量的专业书籍以及老师专业的指导。
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