1. 研究目的与意义、国内外研究现状（文献综述）
1反刍动物瘤胃微生物多样性的研究应用前景
反刍动物瘤胃是公认的纤维素高效降解的天然反应器，对瘤胃微生物多样性的研究已成为开发生物能源的热点领域之一。瘤胃微生物多样性方面,目前的研究手段已经从传统的依赖从瘤胃中分离培养获得微生物细菌，发展到通过宏基因组/基因组学技术，直接从瘤胃中发现并获得大量新的微生物菌群基因 /基因簇，进而探讨其降解的分子机理。研究方法不断优化及研究者将研究对象扩大到小品种反刍动物瘤胃微生物,不仅大大丰富了瘤胃微生物多样性数据库,而且表明瘤胃微生物群落组成受到宿主遗传背景、生长发育阶段和健康状态的影响,并且随日粮、季节等环境条件的变化呈现动态变化的特点。在瘤胃微生物的功能方面,主要围绕瘤胃从微生物基因组学和宏基因组学的角度进行分析。尽管瘤胃微生物多样性和功能的相关研究积累了大量研究数据,但瘤胃微生物群落中影响宿主代谢和生产性能的关键功能菌的鉴定、分离、作用模式及其利用等问题仍然悬而未决。综合利用分子生态学、宏基因组学和代谢组学等方法,研究瘤胃微生物群落与反刍动物的交互作用,可能成为揭示瘤胃微生物群落与反刍动物生产性能的关系、充分利用瘤胃微生物群落资源的新突破口。
2国内外研究概况
2. 研究的基本内容和问题
研究目标：
了解反刍动物瘤胃液相与固相核心微生物菌群多态性，同时，对两相核心微生物菌群进行比较分析，探析反刍动物瘤胃不同相微生物菌群结构与瘤胃代谢及纤维降解的关系。
研究内容：
3. 研究的方法与方案
技术路线：
从相关基因库获取瘤胃细菌基因序列→核对序列数据并制作mappingfile→利用QIIME软件对其进行聚类分析→不同样品内瘤胃内核心细菌菌群进行比较分析→探析瘤胃内不同相核心细菌菌群差异
实验方案：
4. 研究创新点
特色或创新之处
在分析瘤胃液相与固相核心细菌菌群的基础上，比较其菌群结构差异，并将其结构差异与功能关联分析。
5. 研究计划与进展
2016.7-2016.9 前期准备与资料收集
2016.9-2017.3 从数据库中提取数据，分析，整理，讨论。
2017.3-2017.5 论文写作，准备答辩
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